Jei norite, kad kitais metais augalai mažiau sirgtų, šiltnamio švara derėtų pasirūpinti dar rudenį.
Nurinkus derlių, iš šiltnamio reikia pašalinti nubyrėjusius lapus ir vaisius, o taip pat augalų likučius su šaknimis ir virves, dėžes, kibirus, vazonus bei kitą inventorių. Jei norite išvengti ligų ir nesijaudinti, ar augalai tvirtai pririšti, prasidėjus naujam sezonui jiems parišti naudokite naujas virves.
Pašalinę iš šiltnamio visus nereikalingus daiktus ir atliekas, patikrinkite, ar ant jo sienų nėra dumblių ar purvo, dėl kurio gali sumažėti sienų medžiagos skaidrumas šviesai. Dumblius nesunkiai pašalinsite šepečiu ir vandeniu atskiesta indų plovimo priemone. Kruopščiai nuplauti ir nuskalauti vandeniu reikėtų visus šiltnamio paviršius. Išplautą šiltnamį išdezinfekuos saulės šviesos UV spinduliai.
Kai kurie šiltnamių savininkai degina sierą, bet ji pavojinga žmogaus sveikatai – sieros garai sukelia dirginimą. Taip pat sieros degimo produktai gali pakenkti šalia augantiems augalams.
Iškart po to, kai pašalinsite augalų likučius, šiltnamyje galima pasėti žaliųjų trąšų, pavyzdžiui, rugių, kurių šaknų išskyros nuslopina mikroorganizmus ir dezinfekuoja dirvožemį, arba serenčių, kurie taip pat pasižymi puikiomis dezinfekcinėmis savybėms. Tam, kad pasiektumėte pageidaujamą rezultatą, žaliosios trąšos būtinai turi būti sugrūstos į dirvožemį. Jei paliksite augalus augti šiltnamyje, jie sušals, be to ant jų atsiras kekerinis puvinys, tad galų gale turėsite daugiau problemų nei naudos.